2002年冬天，橫浜大橋突然被戰(zhàn)斗機炸毀，媒體雖然報導此為自衛(wèi)隊戰(zhàn)機所為，但實際上這架戰(zhàn)機卻并不存在。民眾廣泛對自衛(wèi)隊產生了不信任感。特車二課第二小隊的后藤(大林隆介 配音)隊長察覺此事與在99年的那場事件中失蹤的自衛(wèi)隊隊員柘植有關1999年，日本陸上自衛(wèi)隊的機器人 小隊在一次聯合國維和行動中遭到全殲。而柘植是特車二課第一小隊隊長南云(榊原良子 配音)原來的戀人。民眾的不信任感達到了頂峰，處于戒嚴狀態(tài)的東京面臨著大騷亂，人們被即將爆發(fā)戰(zhàn)爭的危機籠罩著。在自衛(wèi)隊王牌隊員荒川的幫助下，后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(富永美伊奈 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特車二課原來的成員們，啟動PATLABOR機器人進攻柘植的根據地…… 本片是押井守導演推出了[機動警察PATLABOR]的第二部劇場版。